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LA MAYORÍA DE RÍOS Y ARROYOS EN LA CUENCA DEL MISURI DISCURREN DE OESTE A ESTE, SIGUIENDO LA INCLINACIÓN DE LAS GRANDES LLANURAS; SIN EMBARGO, ALGUNOS AFLUENTES ORIENTALES, COMO EL JAMES, BIG SIOUX Y LOS SISTEMAS DEL GRAND, FLUYEN DE NORTE A SUR. SU PARTE MÁS NOROCCIDENTAL ES DRENADA POR ALGUNOS TRIBUTARIOS DE LOS RÍOS CLUTHA Y MATAURA, ESPECIALMENTE EL RÍO MOKORETA, QUE FLUYE HACIA EL OESTE UNIÉNDOSE AL MATAURA CERCA DE LA POBLACIÓN DE WYNDHAM. TRAMOS DE OTROS RÍOS DE LA CUENCA SE RESERVAN PARA LA PRESERVACIÓN Y EL USO RECREATIVO, SOBRE TODO EL NIOBRARA NATIONAL SCENIC RIVER, QUE ES UN TRAMO PROTEGIDO DE DEL RÍO NIOBRARA, UNO DE LOS AFLUENTES MÁS LARGOS DEL MISURI. ALLÍ SE ORIGINAN ALGUNOS DE LOS RÍOS MÁS LARGOS DE ASIA COMO EL INDO (QUE DESAGUA EN EL MAR ARÁBIGO), EL SUTLEJ (CONOCIDO COMO SHĀTADRU O SUTUDRĪ.