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SU PARTE MÁS NOROCCIDENTAL ES DRENADA POR ALGUNOS TRIBUTARIOS DE LOS RÍOS CLUTHA Y MATAURA, ESPECIALMENTE EL RÍO MOKORETA, QUE FLUYE HACIA EL OESTE UNIÉNDOSE AL MATAURA CERCA DE LA POBLACIÓN DE WYNDHAM. DESEMBOCA EN LA BAHÍA DE SÃO MARCOS, A LA ALTURA DE LA ISLA DE LOS CARANGUEJOS , EN UN AMPLIO ESTUARIO DONDE DESAGUAN TAMBIÉN LOS RÍOS PINDARÉ Y GRAJAÚ QUE ALGUNOS CONSIDERAN AFLUENTES DEL MEARIM. LA MAYORÍA DE RÍOS Y ARROYOS EN LA CUENCA DEL MISURI DISCURREN DE OESTE A ESTE, SIGUIENDO LA INCLINACIÓN DE LAS GRANDES LLANURAS; SIN EMBARGO, ALGUNOS AFLUENTES ORIENTALES, COMO EL JAMES, BIG SIOUX Y LOS SISTEMAS DEL GRAND, FLUYEN DE NORTE A SUR. TRAMOS DE OTROS RÍOS DE LA CUENCA SE RESERVAN PARA LA PRESERVACIÓN Y EL USO RECREATIVO, SOBRE TODO EL NIOBRARA NATIONAL SCENIC RIVER, QUE ES UN TRAMO PROTEGIDO DE DEL RÍO NIOBRARA, UNO DE LOS AFLUENTES MÁS LARGOS DEL MISURI.