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AUNQUE LOS FONDOS ESTRUCTURALES FORMAN PARTE DEL PRESUPUESTO DE LA UE, LA MANERA DE UTILIZARLOS SE BASA EN UN SISTEMA DE RESPONSABILIDAD COMPARTIDA ENTRE LA COMISIÓN EUROPEA Y LAS AUTORIDADES NACIONALES: LAS SINERGIAS CON OTROS PROGRAMAS Y POLÍTICAS FUTURAS DE LA UE AÚN ESTÁN SUJETAS A MÁS DISCUSIONES DEPENDIENDO DEL PROGRESO REALIZADO CON OTRAS PROPUESTAS SECTORIALES DENTRO DEL PRESUPUESTO A LARGO PLAZO DE LA UE. EN 2011, LOS JEFES DE ESTADO Y DE GOBIERNO DE LA UE PIDIERON A LA COMISIÓN EUROPEA QUE REUNIERA TODOS LOS FONDOS DE INVESTIGACIÓN E INNOVACIÓN ANTERIORES DE LA UE EN UN ÚNICO MARCO ESTRATÉGICO COMÚN. POR OTRO LADO, COMO PARTE DE LA REVISIÓN DEL RÉGIMEN DE COMERCIO DE DERECHOS DE EMISIÓN DE LA UE, LA COMISIÓN REVISARÁ EL PAPEL DE LOS FONDOS DE INNOVACIÓN Y MODERNIZACIÓN, QUE NO SE FINANCIAN CON CARGO AL PRESUPUESTO DE LA UE A LARGO PLAZO.